Index _ | A | B | C | E | G | H | I | J | K | L | M | P | R | S | T _ __init__() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.analysis.EnrichmentResult method) (keggtools.models.Alt method) (keggtools.models.Component method) (keggtools.models.Entry method) (keggtools.models.Graphics method) (keggtools.models.Pathway method) (keggtools.models.Product method) (keggtools.models.Reaction method) (keggtools.models.Relation method) (keggtools.models.Substrate method) (keggtools.models.Subtype method) (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.resolver.Resolver method) (keggtools.storage.Storage method) (keggtools.utils.ColorGradient method) A Alt (class in keggtools.models) B build_cache_path() (keggtools.storage.Storage method) C check_cache_dir() (keggtools.storage.Storage method) check_organism() (keggtools.resolver.Resolver method) cmap_downreg (keggtools.render.Renderer property) cmap_upreg (keggtools.render.Renderer property) ColorGradient (class in keggtools.utils) Component (class in keggtools.models) E Enrichment (class in keggtools.analysis) EnrichmentResult (class in keggtools.analysis) Entry (class in keggtools.models) exist() (keggtools.storage.Storage method) G generate_embedded_html_table() (in module keggtools.render) get_compounds() (keggtools.resolver.Resolver method) get_entry_by_id() (keggtools.models.Pathway method) get_gene_color() (keggtools.render.Renderer method) get_gene_id() (keggtools.models.Entry method) get_gene_names() (in module keggtools.resolver) get_genes() (keggtools.models.Pathway method) get_header() (keggtools.analysis.EnrichmentResult static method) get_list() (keggtools.utils.ColorGradient method) get_organism_list() (keggtools.resolver.Resolver method) get_pathway() (keggtools.resolver.Resolver method) get_pathway_list() (keggtools.resolver.Resolver method) get_subset() (keggtools.analysis.Enrichment method) Graphics (class in keggtools.models) H has_multiple_names() (keggtools.models.Entry method) I is_valid_gene_name() (in module keggtools.utils) is_valid_hex_color() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_name() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_number() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_org() (in module keggtools.utils) J json_summary() (keggtools.analysis.EnrichmentResult method) K keggtools module keggtools.analysis module keggtools.models module keggtools.render module keggtools.resolver module keggtools.storage module keggtools.utils module L load() (keggtools.storage.Storage method) load_dump() (keggtools.storage.Storage method) M merge_entrez_geneid() (in module keggtools.utils) model_config (keggtools.models.Alt attribute) (keggtools.models.Component attribute) (keggtools.models.Entry attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.models.Product attribute) (keggtools.models.Reaction attribute) (keggtools.models.Relation attribute) (keggtools.models.Substrate attribute) (keggtools.models.Subtype attribute) module keggtools keggtools.analysis keggtools.models keggtools.render keggtools.resolver keggtools.storage keggtools.utils P parse_tsv() (in module keggtools.utils) parse_tsv_to_dict() (in module keggtools.utils) parse_xml() (in module keggtools.utils) Pathway (class in keggtools.models) pathway_genes_count (keggtools.analysis.EnrichmentResult property) Product (class in keggtools.models) R Reaction (class in keggtools.models) Relation (class in keggtools.models) render() (keggtools.render.Renderer method) Renderer (class in keggtools.render) Resolver (class in keggtools.resolver) run_analysis() (keggtools.analysis.Enrichment method) S save() (keggtools.storage.Storage method) save_dump() (keggtools.storage.Storage method) Storage (class in keggtools.storage) study_count (keggtools.analysis.EnrichmentResult property) Substrate (class in keggtools.models) Subtype (class in keggtools.models) T to_binary() (keggtools.render.Renderer method) to_css() (keggtools.utils.ColorGradient static method) to_csv() (keggtools.analysis.Enrichment method) to_dataframe() (keggtools.analysis.Enrichment method) to_file() (keggtools.render.Renderer method) to_hex() (keggtools.utils.ColorGradient static method) to_json() (keggtools.analysis.Enrichment method) to_string() (keggtools.render.Renderer method)