Index _ | A | B | C | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W | X | Y _ __str__() (keggtools.analysis.EnrichmentResult method) (keggtools.EnrichmentResult method) __version__ (in module keggtools) A all_pathways (keggtools.analysis.Enrichment attribute) (keggtools.Enrichment attribute) Alt (class in keggtools.models) alt (keggtools.models.Product attribute) (keggtools.models.Substrate attribute) AMINO_ACID_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) B bgcolor (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) BIOSYNTHESIS_OF_OTHER_SECONDARY_METABOLITES (in module keggtools) (in module keggtools.const) build_cache_path() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) C cachedir (keggtools.Storage attribute) (keggtools.storage.Storage attribute) CARBOHYDRATE_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) check_cache_dir() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) check_organism() (keggtools.Resolver method) (keggtools.resolver.Resolver method) CHEMICAL_STRUCTURE_TRANSFORMATION_MAPS (in module keggtools) (in module keggtools.const) cmap_downreg (keggtools.render.Renderer property) (keggtools.Renderer property) cmap_upreg (keggtools.render.Renderer property) (keggtools.Renderer property) ColorGradient (class in keggtools) (class in keggtools.utils) Component (class in keggtools) (class in keggtools.models) components (keggtools.Entry attribute) (keggtools.models.Entry attribute) coords (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) E ENERGY_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) Enrichment (class in keggtools) (class in keggtools.analysis) EnrichmentResult (class in keggtools) (class in keggtools.analysis) entries (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) Entry (class in keggtools) (class in keggtools.models) entry1 (keggtools.models.Relation attribute) (keggtools.Relation attribute) entry2 (keggtools.models.Relation attribute) (keggtools.Relation attribute) ENTRY_TYPE (in module keggtools.const) exist() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) F fgcolor (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) found_genes (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) G generate_embedded_html_table() (in module keggtools.render) get_compounds() (keggtools.Resolver method) (keggtools.resolver.Resolver method) get_entry_by_id() (keggtools.models.Pathway method) (keggtools.Pathway method) get_gene_color() (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.Renderer method) get_gene_id() (keggtools.Entry method) (keggtools.models.Entry method) get_gene_names() (in module keggtools.resolver) get_genes() (keggtools.models.Pathway method) (keggtools.Pathway method) get_header() (keggtools.analysis.EnrichmentResult static method) (keggtools.EnrichmentResult static method) get_list() (keggtools.ColorGradient method) (keggtools.utils.ColorGradient method) get_organism_list() (keggtools.Resolver method) (keggtools.resolver.Resolver method) get_pathway() (keggtools.Resolver method) (keggtools.resolver.Resolver method) get_pathway_list() (keggtools.Resolver method) (keggtools.resolver.Resolver method) get_subset() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.Enrichment method) GLOBAL_AND_OVERVIEW_MAPS (in module keggtools) (in module keggtools.const) GLYCAN_BIOSYNTHESIS_AND_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) graph (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) GRAPHIC_TYPE (in module keggtools.const) Graphics (class in keggtools) (class in keggtools.models) graphics (keggtools.Entry attribute) (keggtools.models.Entry attribute) H has_multiple_names() (keggtools.Entry method) (keggtools.models.Entry method) height (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) I id (keggtools.Component attribute) (keggtools.Entry attribute) (keggtools.models.Component attribute) (keggtools.models.Entry attribute) (keggtools.models.Product attribute) (keggtools.models.Reaction attribute) (keggtools.models.Substrate attribute) image (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) IMMUNE_SYSTEM_PATHWAYS (in module keggtools) (in module keggtools.const) is_valid_gene_name() (in module keggtools.utils) is_valid_hex_color() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_name() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_number() (in module keggtools.utils) is_valid_pathway_org() (in module keggtools.utils) J json_summary() (keggtools.analysis.EnrichmentResult method) (keggtools.EnrichmentResult method) K keggtools module keggtools.analysis module keggtools.const module keggtools.models module keggtools.render module keggtools.resolver module keggtools.storage module keggtools.utils module L link (keggtools.Entry attribute) (keggtools.models.Entry attribute) (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) LIPID_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) load() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) load_dump() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) lower_color (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) M merge_entrez_geneid() (in module keggtools.utils) METABOLISM_OF_COFACTORS_AND_VITAMINS (in module keggtools) (in module keggtools.const) METABOLISM_OF_OTHER_AMINO_ACIDS (in module keggtools) (in module keggtools.const) METABOLISM_OF_TERPENOIDS_AND_POLYKETIDES (in module keggtools) (in module keggtools.const) module keggtools keggtools.analysis keggtools.const keggtools.models keggtools.render keggtools.resolver keggtools.storage keggtools.utils msig_to_kegg_id() (in module keggtools) (in module keggtools.utils) N name (keggtools.Entry attribute) (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Alt attribute) (keggtools.models.Entry attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.models.Product attribute) (keggtools.models.Reaction attribute) (keggtools.models.Substrate attribute) (keggtools.models.Subtype attribute) (keggtools.Pathway attribute) (keggtools.Subtype attribute) NUCLEOTIDE_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) number (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) O org (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) organism (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) overlay (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) P parse_tsv() (in module keggtools.utils) parse_tsv_to_dict() (in module keggtools.utils) parse_xml() (in module keggtools.utils) Pathway (class in keggtools) (class in keggtools.models) pathway (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) pathway_genes (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) pathway_genes_count (keggtools.analysis.EnrichmentResult property) (keggtools.EnrichmentResult property) pathway_id (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) pathway_name (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) pathway_title (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) plot_enrichment_result() (in module keggtools) (in module keggtools.analysis) Product (class in keggtools.models) products (keggtools.models.Reaction attribute) pvalue (keggtools.analysis.EnrichmentResult attribute) (keggtools.EnrichmentResult attribute) R Reaction (class in keggtools.models) reaction (keggtools.Entry attribute) (keggtools.models.Entry attribute) REACTION_TYPE (in module keggtools.const) reactions (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) Relation (class in keggtools) (class in keggtools.models) RELATION_SUBTYPES (in module keggtools.const) RELATION_TYPES (in module keggtools.const) relations (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) render() (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.Renderer method) Renderer (class in keggtools) (class in keggtools.render) Resolver (class in keggtools) (class in keggtools.resolver) resolver (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) result (keggtools.analysis.Enrichment attribute) (keggtools.Enrichment attribute) run_analysis() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.Enrichment method) S save() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) save_dump() (keggtools.Storage method) (keggtools.storage.Storage method) start (keggtools.ColorGradient attribute) (keggtools.utils.ColorGradient attribute) steps (keggtools.ColorGradient attribute) (keggtools.utils.ColorGradient attribute) stop (keggtools.ColorGradient attribute) (keggtools.utils.ColorGradient attribute) Storage (class in keggtools) (class in keggtools.storage) storage (keggtools.Resolver attribute) (keggtools.resolver.Resolver attribute) study_count (keggtools.analysis.EnrichmentResult property) (keggtools.EnrichmentResult property) Substrate (class in keggtools.models) substrates (keggtools.models.Reaction attribute) Subtype (class in keggtools) (class in keggtools.models) subtypes (keggtools.models.Relation attribute) (keggtools.Relation attribute) T title (keggtools.models.Pathway attribute) (keggtools.Pathway attribute) to_binary() (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.Renderer method) to_css() (keggtools.ColorGradient static method) (keggtools.utils.ColorGradient static method) to_csv() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.Enrichment method) to_dataframe() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.Enrichment method) to_file() (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.Renderer method) to_hex() (keggtools.ColorGradient static method) (keggtools.utils.ColorGradient static method) to_json() (keggtools.analysis.Enrichment method) (keggtools.Enrichment method) to_string() (keggtools.render.Renderer method) (keggtools.Renderer method) type (keggtools.Entry attribute) (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Entry attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) (keggtools.models.Reaction attribute) (keggtools.models.Relation attribute) (keggtools.Relation attribute) U upper_color (keggtools.render.Renderer attribute) (keggtools.Renderer attribute) V value (keggtools.models.Subtype attribute) (keggtools.Subtype attribute) W width (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) X x (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute) XENOBIOTICS_BIODEGRADATION_AND_METABOLISM (in module keggtools) (in module keggtools.const) Y y (keggtools.Graphics attribute) (keggtools.models.Graphics attribute)